Un colosal esfuerzo de Estados Unidos para crear un perfil genético de 10.000 tumores ha llegado oficialmente a su fin. Iniciado en 2006 como un plan piloto de  $100 millones, el Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA, por sus siglas en inglés) es ahora el mayor componente del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer, una colaboración de científicos de 16 países que ha descubierto cerca de 10 millones de mutaciones relacionadas con el cáncer.

La pregunta es qué hacer a partir de ahora. Algunos investigadores quieren continuar el enfoque en la secuenciación; otros prefieren expandir su trabajo para explorar cómo las mutaciones identificadas influyen en el desarrollo y avance del cáncer.

“ TCGA debería ser completado y declarado como una victoria”, dice Bruce Stillman, presidente del Laboratorio Cold Spring Harbor, en Nueva York. “Siempre habrá nuevas mutaciones para encontrar, que están asociadas con un cáncer particular. La pregunta es: ¿cuál es la relación costo-beneficio”?

Stillman fue de los primeros defensores del proyecto, incluso cuando algunos investigadores temían que pudiera agotar fondos de donaciones individuales. Inicialmente fue un proyecto de tres años, pero luego se extendió por cinco años más. En 2009 recibió un adicional de  $100 millones de los Institutos Nacionales de Salud de EE.UU., más $175  millones de fondos de estímulo que fueron creados para impulsar la economía de Estados Unidos durante la recesión mundial.

Al principio el proyecto tuvo problemas. En ese momento, la tecnología de secuenciación trabajaba solo con tejido fresco que se había congelado rápidamente. Sin embargo, la mayoría de las biopsias clínicas están fijadas en parafina y son teñidas para ser analizadas por los patólogos. Por lo tanto, encontrar y pagar por muestras de tejido fresco se convirtió en el mayor gasto del programa, dice Louis Staudt, director de la Oficina para la Genómica del Cáncer en el Instituto Nacional del Cáncer (NCI, por sus siglas en inglés) en Bethesda, Maryland.

La complejidad de los datos también fue un problema. Aunque algunos factores se destacaron como posibles contribuyentes al desarrollo del cáncer, la mayoría de las mutaciones formaron una mezcolanza desconcertante de rarezas genéticas, con poco en común entre los tumores. Las pruebas de drogas que atacaban a esos factores pronto revelaron otro problema: con frecuencia, los cánceres rápidamente se convierten en resistentes, por lo general mediante la activación de diferentes genes para eludir cualquier proceso celular que esté bloqueado por el tratamiento.

A pesar de esas dificultades, casi todos los aspectos de la investigación del cáncer se han beneficiado del TCGA, dice Bert Vogelstein, genetista especializado en cáncer de la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, Maryland. Los datos han producido nuevas formas de clasificar los tumores y llevaron a identificar objetivos farmacológicos y carcinógenos que antes no eran conocidos. Pero algunos investigadores piensan que la secuenciación todavía tiene mucho que ofrecer. En enero, un análisis estadístico de los datos de mutaciones para 21 tipos de cáncer mostró que la secuenciación todavía tiene el potencial para encontrar mutaciones clínicamente útiles (M. S. Lawrence et al. Nature 505, 495–501; 2014).

El 2 de diciembre, Staudt anunció que una vez que el TCGA esté completo, NCI continuará secuenciando intensamente tumores de tres tipos de cáncer: ovario, colorrectal y adenocarcinoma de pulmón. Luego, prevé evaluar los frutos de este esfuerzo extra antes de decidir si se deben sumar más cánceres.

Ampliar el alcance

Pero esta vez, los estudios serán capaces de incorporar información clínica detallada sobre la salud, el historial de tratamiento del paciente y su respuesta a los tratamientos. Debido a que ahora los investigadores pueden utilizar muestras embebidas en parafina, pueden acceder a datos de ensayos clínicos anteriores, y estudiar cómo las mutaciones afectan el pronóstico y la respuesta al tratamiento en un paciente. Staudt dice que el  NCI anunciará una convocatoria de propuestas para secuenciar muestras tomadas durante ensayos clínicos usando los métodos y análisis establecidos por TCGA.

El resto del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer, que prevé anunciar planes tempranos para una segunda camada de proyectos en febrero, probablemente seguirá un camino similar, dice el co-fundador Tom Hudson, presidente del Instituto de Investigación del Cáncer de Ontario en Toronto, Canadá. En varios países deseosos de controlar los gastos de salud, los financiadores estatales ya se han enfocado en la búsqueda de secuencias que hacen que un tumor sea sensible a la terapia. “Las terapias contra el cáncer son muy caras. Para nosotros es una prioridad conocer qué pacientes responderían a un fármaco caro”, dice Hudson.

El NCI también apoya la creación de un repositorio de datos no solo de sus propios proyectos, sino también de esfuerzos internacionales. Con ello pretende facilitar el acceso a los datos y herramientas de análisis a una franja más amplia de investigadores, dijo Staudt. En la actualidad, los datos sobre la genómica del cáncer suman unos 20 petabytes (1.015 bytes), y son tan grandes y difíciles de manejar que sólo las instituciones con poder de cómputo significativo pueden acceder a ellos. Incluso así, descargarlos puede llevar cuatro meses.

No se puede depender de los fondos de estímulo para impulsar estos planes, reconoce Staudt. Pero la posibilidad de hacer secuenciaciones más baratas y la capacidad de utilizar biopsias de biobancos debería reducir el costo, dice. “La genómica está en el centro de gran parte de lo que hacemos en investigación del cáncer”, dice. “Ahora podemos hacer preguntas de una manera más dirigida”.

Este artículo fue reproducido con permiso y fue publicado por primera vez el 5 de enero de 2014.